Его жизнь связана с Реалом, начиная с 1999 года, а летом 2007 года Хавьер Бальбоа подписал свой новый контракт с клубом до 2011 года.
Бальбоа присоединился к юношеской футбольной школе Реала после своего отъезда из Алкала. Медленно, но верно он пробивался вплоть до того момента, как стал игроком третьей команды, где он продемонстрировал такую игру, что в сезоне 2005-2006 его сразу перевели в Реал Мадрид Кастилья. Он продолжал делать большие успехи и даже дебютировал в первой команде Мадрида в играх Лиги Чемпионов и Ла Лиге, куда вызывался Хуаном Рамоном Лопесом Каро.
Чтобы молодой футболист мог приобрести опыт игры в Ла Лиге, в сезоне 2006-2007 Реал Мадрид отдал Хавьера в аренду сантандерскому Расингу, где он играл под руководством Мигеля Анхеля Португала, являющимся в настоящее время Техническим Секретарем Реала. Под руководством Португала, Бальбоа сыграл в 30 матчах и забил два гола.
